Родился 5 января 1963 года в Ярославской области. В 1986 году окончил Московский физико-технический институт. В 1990-м основал ЗАО «Центр внедрения Протек». Компания импортировала компьютеры, писала программы и пр., а также возила туристов в Венгрию. Там Якунин познакомился с представителями компании Gedeon Richter и решил организовать импорт лекарств. Сейчас Gedeon Richter — акционер «Протека» (4%). Позже создал аптечную сеть «Ригла», построил в Подмосковье фармзавод и логистический комплекс. Долгое время «Протек» был абсолютным лидером среди фармдистрибьюторов, но сейчас его догнала компания «СИА» Игоря Рудинского.