Родился 20 ноября 1972 года в Новосибирске, окончил Новосибирский государственный университет. В 1999 году основал инвесткомпанию «Профит-Хаус» и активно включился в корпоративные войны, в частности, в 2001 году скупал для владельцев «Сибнефти» акции «Аэрофлота». В 2003-м совместно с Романом Абрамовичем и другими акционерами «Сибнефти» приобрел фармацевтический бизнес у американской компании ICN и создал компанию «Фармстандарт». Весной 2007-го по итогам IPO капитализация «Фармстандарта» составила $2,2 млрд. В прошлом году Харитонин выкупил долю акционеров «Сибнефти» и стал крупнейшим частным акционером «Фармстандарта».